Pilar e Breno montaram a Sociedade dos Espiões Invisíveis (SEI) e estão dispostos a desvendar os mistérios do passado. A menina achou um recorte de jornal com uma notícia pela metade e tem certeza de que é uma pista sobre o paradeiro de seu pai, que não chegou a conhecer e de quem só tem uma foto antiga. A investigação exige malas prontas e mais uma incrível viagem.
Em um giro na rede mágica, os dois e o gato Samba vão parar em pleno rio Amazonas! Juntos, vão enfrentar os feitiços da Iara, descobrir os segredos da Floresta Encantada habitada pela temível Cobra-Grande e ainda se dar conta de que suas árvores estão sendo destruídas e de que é preciso fazer alguma coisa para preservá-las.
Pilar aprende sobre comer pupunha cozida e peixe com açaí, dormir em rede, andar de gaiola e canoa e morar em uma palafita.