Em 1864, o escritor francês Maurice Joly publicou clandestinamente o livro O diálogo no inferno de Maquiavel e Montesquieu, uma sátira ao imperador Napoleão III. Quase trinta e cinco anos depois, o livro caiu nas mãos de Mathieu Golovinski, russo exilado na França a serviço da polícia secreta do tsar Nicolau II. O objetivo dessa polícia era provar a Nicolau II que havia uma conspiração judaica por detrás das revoltas que começavam a assolar a Rússia. Percebendo o potencial do livro de Joly, Golovinski produziu um plágio grosseiro - Protocolos dos sábios do Sião -, em que um suposto grupo de judeus influentes descrevia seu plano de dominação mundial, traçado durante um encontro secreto.
O complô conta a história da fabricação dessa farsa, e de como ela se tornou uma das mais duradouras e cruéis peças de literatura anti-semita já produzidas. Nesta graphic novel, concluída poucos meses antes de sua morte, Will Eisner investiga também por que nem mesmo as inúmeras provas que vieram à tona, já na década de 20, de que os Protocolos eram falsos, conseguiram minar sua credibilidade. As histórias em quadrinhos, acreditava ele, seriam uma maneira de levar a um público maior a verdade sobre os protocolos. Um dos grandes mestres do gênero, Eisner percorre em O complô mais de um século da história da intolerância, sem deixar de lado aqueles que tentaram combatê-la.